در این دیدار دکتر حداد عادل نیز به برخی از عملکردها و فعالیت های این شورا اشاره کرد و خواستار استفاده از ظرفیت های علمی و عملی مؤسسه در جهت اسلامی سازی علوم انسانی، بومی سازی، روزآمدی و کارآمدی آن شد.
آیت‌الله رجبی
در ابتدای این نشست آیت الله رجبی قائم مقام محترم مؤسسه با گرامیداشت ایام دهه مبارک فجر، حضور جناب آقای دکتر حداد عادل و همراهان محترم را به مؤسسه خوش آمد گفت و به ارائه گزارشی از فعالیت های موسسه پرداخت.
قائم مقام مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) اظهار داشت: به برکت اشراف علمی و مدیریتی علامه مصباح(مدظله العالی)، مؤسسه آغازگر حرکت به سوی تولید علوم انسانی اسلامی بوده است و در دو محور اساسی تربیت نیروی متخصص و تدوین منابع پیشگام، نقش اول را داشته و بیشترین نیروی کیفی متخصص حوزوی که هم در علوم دینی و هم در علوم انسانی دانشگاهی تسلط داشته باشند را در همه رشته های علمی تا مقطع دکتری تربیت کرده و بحمدالله آثار ارزشمندی تألیف شده است.
وی افزود: جهت اطلاع حضرتعالی و هیئت همراه عرض می کنم که مؤسسه در 14 رشته علوم انسانی و اسلامی تا مقطع دکتری برای فضلای حوزه، دوره های آموزشی طبق استانداردهای پذیرفته شده را برگزار می کند که علاوه بر واحدها و مواد درسی دانشگاهی، بیش از معادل آن واحدهای معارف عقلی و نقلی قرآنی و فقهی در مؤسسه ارائه می شود و فارغ التحصیلان موفق آن در واقع در دو رشته متخصص می شوند و مهمترین نیروها برای تولید علوم انسانی اسلامی هستند.  
آقای دکتر حداد عادل
در ادامه جناب آقای دکتر حداد عادل نیز روند فعالیت های شورای تحول در علوم انسانی را تشریح کرد و یادآور شد: ما کار خودمان را به چهار موضوع تقسیم کردیم؛ الف) اسلامی‌سازی علوم انسانی؛ ب) بومی‌سازی؛ ج) روزآمدی؛ د) کارآمدی. همچنین در چهار میدان هم این فعالیت‌ها را دنبال کردیم؛ 1. برنامه، اعم از آموزش درسی و محتوای کتابها؛ 2. استاد؛ 3. دانشجو؛ 4. پایان‌نامه‌ها و مجلات پژوهشی. در چند سال گذشته، عمدتاً وقت ما صرف بررسی برنامه‌های درسی دانشگاه‌ها شد. افزون بر ترمیم و اصلاح در برخی برنامه‌های موجود، تاکنون نزدیک به 60 برنامه درسی دانشگاهی را عوض کردیم.
دکتر حداد عادل به اشتراکات و تفاوت های کاری میان شورای تحول و مؤسسه اشاره کرد و برخی  مشکلات در مسیر تحول علوم انسانی را یادآور شد.
وی افزود: ما با واقعیت‌هایی روبه‌رو هسیتم که عبور از آنها دشوار است. برای مثال، صد سال است که علوم انسانی در دانشگاهها تدریس می‌شود؛ جماعت اساتید دانشگاه غالباً در دانشگاه‌های خارج درس خوانده‌اند و مسیر منتهی به فارغ‌التحصیلی آنها این راه نبوده است. برخی از آنها به آنچه خوانده‌اند، دلبستگی دارند و در برابر این تغییر ایستادگی می‌کنند. شبیه یک سربالایی با شیب تند که ماشین باید از آن بالا برود! افزون بر این، آنچه کار را سخت‌تر می‌کند، سیاسی‌شدن مسئله است؛ عده‌ای تحول علوم انسانی را سیاسی تلقی می‌کنند و در مجلات، کلاس‌ها و انجمن‌های خود در برابر این مسئله موضع‌گیری سیاسی می‌کنند. 
دکتر حداد عادل با اشاره به فعالیت های صورت گرفته اظهار داشت: ما با سازمان سمت قرارداد داریم تا کتاب‌های حاصل از این برنامه‌ها را تألیف کنند. در واقع، با تصویب هر برنامه درسی، بسته به نوع برنامه، گاهی بین 15 تا 100 کتاب درسی باید از نو ایجاد شود. بر اساس تخمین ما، کتاب‌هایی نیازمند به تألیف مجدد در تحول علوم انسانی، به چند هزار عنوان می‌رسد. در حال حاضر بیش از 100 عنوان کتاب به ناشران سفارش داده‌ایم.
وی با بیان اینکه اسلامی‌سازی علوم انسانی بدون ارتباط با حوزه ممکن نیست، تأکید کرد: به همین منظور، قدم اول پیش‌بینی معاونت ارتباط با حوزه بود؛ قدم دوم تأمین دفتری در حوزه، و قدم‌های بعدی این است که با مؤسسات ارتباط نزدیک داشته باشیم. ما نیازمند همکاری بیشتر با شما هستیم و به این دلخوش نیستیم که صرفاً یک نماینده از موسسه در جلسات شورا حضور داشته باشد. تصور ما این است که در هر بخشی که کار می‌کنیم، می‌توانیم با شما مرتبط باشیم. برای مثال، اولاً در کار‌گروه‌ها می‌توانیم از اعضای فعال شما دعوت کنیم تا عضو کارگروه شوند؛ ثانیاً اگر برنامه‌ای در تهران تنظیم کردیم، آن را برای برای بررسی خدمت شما می‌فرستیم تا در اینجا نیز بررسی شود؛ ثالثاً در مرحله تألیف کتاب، اگر کتابی تالیف شده است از آن استفاده کنیم و برای مؤلفان کتاب می‌توانیم از افراد حوزوی و دانشگاهی به‌طور همزمان استفاده کنیم. شاید آینده‌ای که برای ما قابل تصور باشد این است که با هر موسسه‌ای متناسب با فعالیت‌های مشترک، مواردی در نظر گرفته شود. این مقصد و مقصود نهایی ما از حضور در جمع شماست. 
آیت‌الله رجبی
قائم مقام مؤسسه با اشاره به تهیه سند اسلامی سازی علوم انسانی اظهار داشت: مؤسسه در راستای هدف اصلی خود، یعنی اسلامی‌سازی علوم انسانی، سندی را تهیه کرده و معتقد است اگر قرار است کاری اساسی در تحول علوم انسانی صورت گیرد، نخست باید مفاهیم اساسی موضوع شفاف شود؛ مفاهیمی مانند علم، علوم انسانی، علوم انسانی اسلامی، فلسفه علوم انسانی و پس از آن نقطه شروع علوم انسانی است. بنابراین اولویت، تدوین آثار فلسفه علم، فلسفة علوم انسانی و بعد فلسفه‌های مضاف، است که باید مبانی آشکار و پنهان علوم رایج در مجامع دانشگاهی در سطح جهان شناسایی و نقد شود و آن مبانی بر اساس آموزه ها و فرهنگ اسلامی تحقیق و تألیف شود و پس از تنقیح مبانی، بر اساس آن علوم انسانی اسلامی تألیف شود.  
وی افزود: در این راستا، دو کارگروه تشکیل شده؛ یکی در فلسفه علم و دیگری در فلسفه علوم انسانی  و در هر گروه نیز کارگروهی فلسفه مضاف رشته خود را عهده دار شده است. فلسفه تعلیم و تربیت قبلا به درخواست وزیر آموزش و پرورش وقت زیر نظر حضرت آیت‌الله مصباح نوشته شده و سایر فلسفه های مضاف در دست تألیف است. 
حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر بی‌ریا
معاون پژوهشی مؤسسه با اشاره به ظرفیت های موجود در مؤسسه خاطرنشان کرد: گزارشی که جناب آقای حداد ارائه فرمودند، بیانگر آن است که جاده‌ای کشیده شده که دقیقا همسو و هم‌راستا با اهداف موسسه است. این موسسه در حقیقت مثل چشمه جوشان کادر علمی تولید می کند. در دورة کارشناسی تمرکز بر این است که دانش‌پژوهان معارف قرآنی و فلسفه، و در واقع زیربنا را فراگیرند و تجهیز فکری بشوند. ما می‌توانیم بخشی از فارغ‌التحصیلان ارشد و دکتری را به‌صورت کارگروه پژوهشی در راستای اهداف شورای تحول فعال کنیم.
وی با بیان اینکه محصولات تولید‌ شده در بخش پژوهش مؤسسه می تواند ظرفیت مناسبی برای شورای تحول باشد، اظهار داشت: با یک واقع‌بینی باید مراحلی را برای انجام کار مورد نظر در شورای تحول برنامه‌ریزی کرد تا در یک برنامه 5 یا 10 ساله بتوان به اهداف رسید. به‌نظر می‌رسد با توجه به ظرفیت‌هایی که در اینجا وجود دارد، بخشی از اهداف قابل تحقق است.
حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر موسوی‌نسب
معاون آموزش مؤسسه با اشاره به تولید کتاب آموزش عمومی زبان یادآور شد: یکی دیگر از فعالیت های آموزشی برای بومی سازی متون آموزشی، تولید کتاب آموزش عمومی زبان  انگلیسی در موسسه بود که زیر نظر کارگروهی از اساتید برجسته زبان انگلیسی، این کار انجام شده است که دو جلد آن چاپ‌ شده و جلد سوم آن نیز در حال چاپ است. این را به دفتر مقام معظم رهبری نیز اعلام کرده‌ایم و آنها نیز خیلی استقبال کرده‌اند. به نظر ما این یک کار بنیادین است که می‌بایست در کشور انجام می‌شد. 
وی افزود: مسئلة دیگر فرهنگ‌سازی است که باید در مورد اسلامی‌سازی داشته باشیم.  مقام معظم رهبری دربارة مسئله جمعیت فرمودند: « شما باید اقناع نخبگانی داشته باشید. » دربارة این مسئله نیز همین رویکرد مصداق پیدا می‌کند. بیشترین مشکل ما دربارة اساتیدی است که در دانشگاه‌ها هستند و در میان طیفی هستند که یک‌طرف آن کاملا مخالفند و در طرف دیگر نیز گروهی هستند که معتقدند همه چیز می‌تواند اسلامی‌سازی شود؛ یعنی گرفتار نوعی افراط و تفریط هستند. پیشنهاد مشخص این است که یک کارگروه به کارگروه‌های دیگر اضافه شود که با مراکز حوزوی ارتباط داشته باشد. شفاف‌سازی این وضعیت که ما قرار است چه کاری را به چه شکلی انجام دهیم، ضرورتی است که باید به آن پرداخت. 
حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر مجتبی مصباح
دکتر مجتبی مصباح در این دیدار، تعریف رشته‌های علوم انسانی اسلامی جدید را ضروری برشمرد و خاطرنشان کرد: به نظر من، در کنار این کارهای لازم، باید کاری دیگر را نیز شروع کرد و آن تعریف رشته‌های علوم انسانی اسلامی جدید در کنار رشته‌های جدید است. ما باید رشته‌های موازی تعریف کنیم. این یک سیاست راهبردی است. در اول انقلاب، ارتش وجود داشت، ولی در کنارش سپاه را هم طراحی کردیم. وزارت اطلاعات داشتیم، اطلاعات سپاه را هم تأسیس کردیم. در مسائل علمی نیز همین‌طور است. نهادهای علمی مستقلی را خود حضرت آقا پیگیری کردند که با نظر ایشان راه‌اندازی شد و کم کم رشد کرد و جایگاه پیدا کرد و در مراکز رقیب تأثیرگذار هم بود. اگر از ابتدا می‌خواستیم مراکز موجود را پاکسازی کنیم، ممکن نبود.
وی ادامه داد: در علوم انسانی نیز به نظر من یک کار انقلابی این است که ما آن علوم انسانی اسلامی را که فکر می‌کنیم درست است، دربارة آنها کار علمی دقیق انجام دهیم و رشته‌های جدیدی را طراحی کنیم. تصحیح ساختار موجود فوریت دارد و اگر بخواهیم وارد عمق بشویم، عملاً از بعضی از اهداف دور می‌مانیم. برای انجام این کار به نظرم لازم است گروهی از نیروهایی را که حداقل از نظر مبانی علوم انسانی با هم همفکر هستند داشته باشیم. عده‌ای باید روی تأسیس رشته‌ها، نوشتن کتاب‌ها و تربیت اساتید متمرکز شوند. اما نسبت به وضع موجود، پرداختن به مبانی، به‌ویژه انسان‌شناسی اسلامی بسیار مهم است. البته دیگر مبانی مانند هستی‌شناسی، ارزش‌شناسی، معرفت‌شناسی و روش‌شناسی، نیز بسیار مهم است و اگر در قالب 8 تا 10 واحد این دروس در دوره درسی گنجانده شود، بسیار تأثیرگذار خواهد بود.
دکتر حداد عادل
در ادامه دکتر حداد عادل اظهار داشت: این نگرش مورد نظر ما هم بوده که رشته‌های جدید و برخاسته از علوم اسلامی ایجاد کنیم؛ در این زمینه کارهایی نیز انجام داده‌ایم؛ برای مثال، رشته‌هایی مانند دانش اجتماعی مسلمین، ‌جامعه‌شناسی دفاع مقدس برای کارشناسی ارشد تعریف شده است. یا رشته‌هایی مانند اقتصاد شهری، الگوی اسلامی ایرانی پیشرفت از دیگر برنامه‌های ماست.
وی افزود:  البته این کار، شورایی و جلسه‌ای نیست؛ بلکه به یک موسسه مطالعاتی نیاز دارد. به دنبال تأسیس یک پژوهشگاه مطالعات تحول بنیادی علوم انسانی هستیم که بتوانیم این کار را دنبال کنیم.
دکتر حداد عادل تأکید کرد:  من مایلم این جلسه فراتر از گزارش باشد؛ یعنی تصمیم بگیریم از امروز کار جدیدی را دنبال کنیم. آمادگی داریم که تفاهم‌نامه همکاری بین شورا و موسسه امضا شود و نمایندگانی از دو طرف برای پیگیری آن در نظر گرفته شود تا تار و پود دو مرکز در هم تنیده شوند.
آیت‌الله رجبی
در پایان آیت الله رجبی یادآور شد: آمادگی داریم که سند تولید علوم انسانی و دیگر فعالیت‌هایی را که در پژوهش انجام شده است در اختیار شما قرار دهیم. البته تفاهم‌نامه هم چیز خوبی است که ضرورت دارد پیگیری شود و در پی آن توافقنامه ها و قراردادهای مشخص از سوی نمایندگان شورا و مؤسسه پیشنهاد و امضا شود و کار به صورت رسمی و سازمانی پیش رود البته مؤسسه این را رسالت خود می داند و حتی در صورت عدم تحقق این امور اداری، انجام خواهد داد ولی خوشنودیم که حضرتعالی که از همان اوائل تأسیس مؤسسه، با مؤسسه همکاری داشتید به عنوان رئیس شورای تحول خواستار همکاری هستید.